Temporada 1996-97. Fue su última campaña en Primera y tras el ascenso el club lo compran empresarios riojanos. Ni Lotina, ni Liber Arispe, ni Carlos Aimar evitaron el descenso.

Tres temporadas en 2ª. En las temporadas 1997-98, 1998-99 el equipo logra mantener la categoría, pero en la 1999-00 no puede evitar el descenso a 2ª División B.

Primer descenso a 3ª. El descenso a 2ªB al final de la 1999-00 se agravó por problemas económicos, lo que acabó en el descenso a Tercera. Una temporada después volvió a 2ªB.

Segundo descenso a 3ª. En la 2003-04 y tras lograr la permanencia en 2ªB vuelven los problemas económicos y el descenso. Juan Hortelano es el nuevo propietario del club.

Tercer descenso a 3ª. En la 2006-07 juega de nuevo en 2ªB, donde permanece dos temporadas. El 1 de agosto de 2008 llega el tercer descenso administrativo por impagos.

Descenso a Regional. El 18 de enero de 2009 desciende a Regional por segunda incomparecencia del equipo. La Fiscalía de La Rioja anuncia estudiar si hay delito en las actuaciones de los dirigentes del club.