Clos Gómez tuvo un gran protagonismo en el derbi por seis decisiones polémicas que marcaron el devenir del partido. En el minuto 20, y a instancias de su juez de línea, el colegiado aragonés anuló incorrectamente un gol a Van Nistelrooy en el minuto 20 por fuera de juego.

La segunda jugada protestada fue el gol anulado a Raúl en el 28', que por muy poco estaba en fuera de juego. Luego llegaron las expulsiones. En el 29' a Perea por un manotazo a Sneijder y en el 38 a Van Nistelrooy por zancadilla a Maniche. En el minuto 80 acertó al anular otro tanto a Raúl por un empujón a Assunçao y en el 96 pitó el claro penalti de Heitinga a Drenthe.