Scolari le hizo debutar como profesional en el Palmeiras

Días antes de que el Oporto se proclamara campeón de liga por tercer año consecutivo el rotativo Jornal de Noticias hacía una encuesta entre las leyendas del club sobre el jugador más valioso esa temporada. Emblemas como Jorge Costa, Domingos, Drulovic, Antonio Sousa o Rodolfo Reis sorprendían a todos con su elección. Para ellos el mejor no había sido ni Quaresma, ni Lucho González ni siquiera Lisandro López. El galardón recayó sobre Paulo Assunçao, porque sin él ninguno de los otros tres hubiera podido brillar.

Paulo se crió en las categorías inferiores del Palmeiras hasta que en 1999 Scolari le dio la alternativa. En 2000 el Oporto se lo llevó cedido, pero Fernando Santos sólo lo convocó una vez con el primer equipo. Paulo regresó al Palmeiras en enero de 2001. En 2002 el equipo descendió y para subsistir vendió a Assunçao a Nacional de Portugal. Allí hizo una temporada sensacional y fue entonces cuando el Oporto le contrató y le cedió al AEK, que entonces entrenaba Santos.

En Grecia jugó a un nivel altísimo para regresar con honores a Oporto. Sin embargo, los inicios con Co Adriaanse en la 2005-06 no fueron felices, hasta que llegó la derrota con Benfica por 0-2 en casa. En respuesta, el técnico alineó de titular a Assunçao en el partido siguiente, frente al Inter, al que derrotaron por 2-0. Desde entonces ha sido intocable.