El pasado 6 de abril, Pepe se lesionó gravemente al sufrir una rotura parcial del ligamento lateral interno de la rodilla derecha. Era la jornada 24, el Oporto goleaba al Setúbal por 5-1 y en el tiempo añadido perdía a una de sus piezas claves en la recta final del campeonato. Todo indicaba que el brasileño estaría ausente el resto de la temporada, pero sólo estuvo de baja tres semanas.

La recuperación de Pepe fue más rápida de lo esperado ya que a comienzos de mayo comenzó a entrenarse con el resto del equipo. El 6 de mayo, en la jornada 28, y justo un mes después de lesionarse, Pepe fue convocado y estuvo en el banquillo frente al Nacional. Su técnico, Jesualdo Ferreira, no quiso arriesgar y no jugó un solo minuto. Una semana después, el brasileño fue titular. Disputó todo el encuentro e incluso le mostraron una tarjeta amarilla. Pepe también participó en el último encuentro de la Liga (20 de mayo), día en el que el Oporto se proclamó campeón tras golear por 4-1 al Desportivo de Aves. Estos días se preparaba en Holanda para la nueva temporada.